Eesti Lennuakadeemia juhtimisorganiteks on rektoraat, akadeemia nõukogu ja akadeemia nõunike kogu.
Rektoraat:
Akadeemia nõukogu:
Akadeemia nõunike kogu:
Nõunike kogusse kuuluvad Haridus- ja Teadusministeeriumi, Kaitseministeeriumi, Majandus- ja Kommunikatsiooniministeeriumi, Õhuväe, Lennuameti, AS-i Tallinna Lennujaam, AS-i Estonian Air, Lennuliiklusteeninduse AS-i, Piirivalve Lennusalga ja SA Eesti Lennundusmuuseum esindajad.
Erialanõukogud:
Erialanõukogu on vastava eriala tegevspetsialistidest koosnev nõuandev kogu.
Lennunavigatsiooniteeninduse erialanõukogu on 12-liikmeline. Nõukogu esimees on Lennuameti lennuliiklusteeninduse ja lennuväljade osakonna juhataja kt Tanel Kulbas.
Õhusõiduki juhtimise erialanõukogu on 9-liikmeline.
Lennundustehnilise personali koolitusorganisatsiooni erialanõukogu on 8-liikmeline. Nõukogu esimees on Air Maintenance Estonia kvaliteedijuht Kalle Allikson.