Õppetöö toimub akadeemias EV Haridus- ja Teadusministeeriumi poolt akrediteeritud ja rahvusvaheliste lennundusorganisatsioonide nõuetele vastavate õppekavade alusel rakenduskõrgharidusõppe tasemel. Kutse- ning erialade avamine sõltub Eesti lennundusettevõtete vajadustest ja riiklikust koolitustellimusest. Õppetöö kestus on 4 aastat ja üles ehitatud paindlikule õppemoodulite süsteemile.
Stuudium jaguneb:
Alusõppemooduli eesmärk on anda baasteadmised, mis loovad eeldused järgnevate moodulite läbimiseks. Moodul kestab 3 semestrit ja koosneb süvendatud üldinsenerlike õppeainete loengukursustest, seminaridest, praktikumidest ja laboratoorsetest töödest. Alusõppemooduli õpingud viiakse läbi koostöös Tartu Ülikooliga.
Lennunduse üldõppemooduli eesmärk on anda lennundusala teoreetilised baasteadmised ja kujundada arusaam lennunduse kui ühe transpordiliigi eripärast. Mooduli kestvus on üks semester.
Kolmandal õppeaastal algab spetsialiseerumine valitud erialale. Läbitakse erialamoodulid, mis on vastavuses rahvusvaheliste nõuete ning soovitustega.
Neljanda õppeaasta lõpuks kaitsevad üliõpilased lõputöö või sooritavad erialase lõpueksami.
Eesti Lennuakadeemia lõpetajad saavad erialased pädevused ja hea võõrkeeleoskuse, nad on konkurentsivõimelised töötamaks lennundusalastel ametikohtadel Eestis või välismaal. Edukatel üliõpilastel on võimalus jätkata õpinguid akadeemias magistrikraadi saamiseks.